010 - Rearranjo de Genomas (formalismo algébrico)

Número:
Enunciado:
Sobre permutações, selecione a afirmativa incorreta.

1. Dada uma permutação α, para se obter a sua inversa, α^-1, basta inverter cada ciclo da decomposição em ciclos de α.


2. Sejam α = (a b) e β uma permutação qualquer. Se a e b estiverem no mesmo ciclo da decomposição em ciclos de β, então na decomposição em ciclos do produto αβ este ciclo estará quebrado em dois.


3. Sejam α = (a b) e β uma permutação qualquer. Suponha que a e b encontram-se em ciclos separados da decomposição em ciclos de β. Estes ciclos tornar-se-ão um só na decomposição em ciclos de αβ.


4. Seja α = (a b c) e seja β uma permutação tal que a, b, c estão distribuídos em dois ciclos de β. O número total de ciclos em αβ será menor que o número de ciclos de β.


5. NDA

009 - Rearranjo de Genomas (reversões)

Número:
Enunciado:
Assinale a alternativa incorreta.

1. Em um diagrama realidade-desejo, um componente A separa dois outros componentes B e C se todas as cordas entre algum terminal em B e algum terminal em C cortam alguma aresta desejo de A.


2. Um obstáculo é um componente ruim que não separa nenhum par de componentes.


3. Um componente bom é um componente que contém um ciclo bom. Um ciclo bom é tal que possui pelo menos um par de arestas divergentes.


4. Cada componente de um diagrama realidade-desejo equivale a um componente conexo no interleave graph correspondente.


5. NDA

008 - Rearranjo de Genomas

Número:
Enunciado:
Sobre a representação de um genoma em blocos orientados, escolha a afirmação incorreta dentre as seguintes.

1. Um breakpoint é um ponto entre blocos consecutivos na permutação inicial que não são consecutivos na permutação alvo ou, se são consecutivos, não possuem a mesma orientação um em relação ao outro.


2. Dadas uma permutação inicial a e uma permutação alvo b, a distância de reversão de a em relação a b é igual ao número mínimo de reversões que precisam ser aplicadas em a para que se obtenha b.


3. A distância de reversão é simétrica, ou seja, a distância de uma permutação a em relação a uma permutação b é sempre igual à distância de b em relação a a.


4. A aplicação de uma reversão a uma permutação inicial resulta em uma nova permutação cuja distância de reversão, em relação à permutação alvo, poderá diferir da distância da permutação inicial em até 2.


5. NDA

007 - Haplótipos

Número:
Enunciado:
Dado um conjunto de genótipos, o problema de inferência de haplótipos:

1. não pode ser abordado com o critério de parcimônia pura, pois pois este método refere-se à inferência de filogenias, e não de haplótipos.


2. é resolvido pelo algortimo de Clark, que tem complexidade de tempo polinomial.


3. possui múltiplas soluções. A abordagem de consenso objetiva encontrar uma única solução, mais acurada possível, pela busca do menor conjunto de haplótipos que resolve o problema.


4. quando abordado pelo algoritmo de Clark, dá origem ao seguinte problema: qual execução do algoritmo (ordenação dos genótipos) maximiza o número de vetores de genótipos resolvidos (Problema da Resolução Máxima).


5. NDA

006 - Haplótipos

Número:
Enunciado:
Considere o seguinte conjunto de genótipos:

02112, 20121 e 22120.

Qual das alternativas abaixo resolve o problema da inferência de haplótipos desses genótipos, respeitando o critério de parcimônia pura?

1. (00111, 01110), (10101, 00111), (10101, 01110)


2. (00111, 01110), (00111, 10101), (01100, 10110)


3. (00111, 01110), (00111, 10101), (01110, 10100)


4. (00110, 01111), (10111, 00101), (00110, 11100)


5. NDA

005 - Evolução

Número:
Enunciado:
Sobre cadeias de Markov finitas e em tempo discreto, escolha a alternativa incorreta:

1. Cadeias de Markov simples obedecem duas propriedades: (i) a probabilidade de transição de um estado s1 para um estado s2 depende somente do estado s2 e não depende do histórico de estados passados, (ii) as probabilidades de transição são independentes do tempo transcorrido.


2. A soma dos elementos de cada linha da matriz de transição de uma cadeia de Markov é igual a 1.


3. A soma dos elementos de cada coluna da matriz de transição de uma cadeia de Markov não tem nenhum resultado particular.


4. Uma cadeia de Markov não possui estados absorventes quando existem 1's na diagonal principal da matriz.


5. NDA

004 - Buscas em Bases de Dados

Existem diversas ferramentas e técnicas para a busca de sequências e segmentos em bases de dados geograficamente dispersas. Escolha a afirmação incorreta dentre os itens a seguir:

1. Em uma busca em uma base de dados, uma sequência deve ser comparada com todas as sequências já existentes na base, em busca de similaridades locais. Isso traduz-se em centenas de milhares de comparações entre sequências, tornando impraticátivel buscas em bases de dados muito grandes, dada a complexidade quadrática dos métodos comuns. Pensando nisso, novos métodos foram desenvolvidos para pesquisa nessas bases de dados, como por exemplo o "Point Accepted Mutations" e o "Basic Local Alignment Search Tool".


2. Para contruir-se uma matriz PAM adequada à comparação de sequências distantes uma unidade de evolução, precisa-se de: (i) uma lista de mutações aceitáveis e (ii) as probabilidades de ocorrência de cada aminoácido. Além disso, pode-se contruir dois tipos de matrizes: (i) aquelas que consideram as mutações observadas nos aminoácidos e (ii) aquelas cujas mutações são examinadas nas moléculas de DNA.


3. Todas as matrizes PAM para distâncias diferentes de uma unidade de evolução entre proteínas são construídas a partir da matriz 1-PAM.


4. O métido BLAST retorna uma lista de pares de segmentos de pontuação alta resultantes da comparação entre a sequência de busca e as sequências presentes na base de dados.


5. NDA

003 - Construção de árvores PQR em tempo quase linear

Sobre árvores PQR e o algoritmo para sua contrução em tempo quase linear proposto por Telles e Meidanis (2005), escolha a alternativa correta:

1. Considere o conjunto das fronteiras das árvores equivalentes a uma dada árvore PQR. Tal conjunto sempre conterá permutações que obedecem, ao mesmo tempo, a todas as restrições utilizadas na construção da árvore.


2. O algoritmo atribui a cor cinza a um nó da árvore se este nó é ortogonal à restrição sendo aplicada na iteração correspondente.


3. A fronteira da subárvore cuja raiz é o LCA não é ortogonal à restrição.


4. Seja S um conjunto com uma restrição sendo adicionada à árvore pelo algoritmo. O algoritmo atrubui a cor cinza a um nó v. Logo, FRONTEIRA(v)\S ≠ Ø   e   S\FRONTEIRA(v) ≠ Ø.



5. NDA

002 - Genetic Fine Structure

Sobre o experimento descrito no artigo "On the topology of the genetic fine structure", de Seymour Benzer, qual das seguintes afirmações é INCORRETA?

1. Bacteriófagos T4 do tipo padrão ocasionalmente evoluem para mutantes to tipo rII. Tais mutantes desenvolvem-se normalmente em células B, mas não em células K.


2. Os elementos alterados no material genético de um mutante rII são contíguos e não ocorrem elementos inalterados entre duas porções de elementos alterados.


3. A matriz de recombinação de uma estrutura genética linear sempre pode ser rearranjada de forma que os indivíduos mutantes sejam listados em ordem de dicionário (em relação aos elementos alterados).


4. O mutante rII não possui a habilidade de multiplicar-se em células K. A estrutura genética que controla tal habilidade é constituída de apenas uma parte (ou unidade funcional).


5. NDA

001 - Biologia Molecular

Qual das seguintes afirmações NÃO é correta?

1. Bacteriófagos são vírus, utilizados como vetores de clonagem para inserir fragmentos de DNA em bactérias, que causam ou não o rompimento (morte) da célula hospedeira.
   
2. Plasmídeos são moléculas circulares de DNA, presentes em bactérias, que reproduzem-se independentemente do DNA cromossômico.
   
3. Moléculas de DNA possuem carga elétrica positiva e, portanto, movem-se quando submetidas a tensão elétrica.
   
4. A eletroforese é um técnica utilizada para classificação de cromossomos com base no seu tamanho.
   
5. NDA