004 - Buscas em Bases de Dados

Existem diversas ferramentas e técnicas para a busca de sequências e segmentos em bases de dados geograficamente dispersas. Escolha a afirmação incorreta dentre os itens a seguir:

1. Em uma busca em uma base de dados, uma sequência deve ser comparada com todas as sequências já existentes na base, em busca de similaridades locais. Isso traduz-se em centenas de milhares de comparações entre sequências, tornando impraticátivel buscas em bases de dados muito grandes, dada a complexidade quadrática dos métodos comuns. Pensando nisso, novos métodos foram desenvolvidos para pesquisa nessas bases de dados, como por exemplo o "Point Accepted Mutations" e o "Basic Local Alignment Search Tool".


2. Para contruir-se uma matriz PAM adequada à comparação de sequências distantes uma unidade de evolução, precisa-se de: (i) uma lista de mutações aceitáveis e (ii) as probabilidades de ocorrência de cada aminoácido. Além disso, pode-se contruir dois tipos de matrizes: (i) aquelas que consideram as mutações observadas nos aminoácidos e (ii) aquelas cujas mutações são examinadas nas moléculas de DNA.


3. Todas as matrizes PAM para distâncias diferentes de uma unidade de evolução entre proteínas são construídas a partir da matriz 1-PAM.


4. O métido BLAST retorna uma lista de pares de segmentos de pontuação alta resultantes da comparação entre a sequência de busca e as sequências presentes na base de dados.


5. NDA